پیش از پرداختن به اسباب و علل غیبت امام مهدی(عج) باید توجه داشت كه از روایات استفاده می شود كه علت و فلسفه واقعی غیبت آن امام بر بشر پوشیده است. و جز خدا و پیشوایان معصوم علیم السلام كسی نسبت به آن اطلاع كافی و كامل ندارد.

عبد الله بن فضل هاشمی روایت كرده كه از حضرت صادق(ع) شنیدم كه فرمود: «صاحب الامر غیبتی دارد كه ناچار از آن است، به طوری كه اهل باطل در آن تردید می كنند. عرض كردم: یابن رسول الله! چرا غیبت می كند؟ فرمود: به علتی كه به ما اجازه نداده اند آشكار سازیم. عرض كردم: چه حكمتی در غیبت اوست؟ فرمود: همان حكمتی كه در غیبت سفیران و حجتهای پیش از او بوده است، حكمت غیبت قائم ظاهر نمی شود مگر بعد از آمدن خود او؛ چنان كه حكمت سوراخ كردن كشتی توسط خضر و كشتن آن بچه و تعمیر دیوار، برای حضرت موسی (ع) ظاهر نگشت، مگر موقعی كه خواستند از هم جدا شوند.» ("كمال الدین و تمام النعمة"، شیخ صدوق، ص482)

این روایت و روایات دیگر مثل آن اشاره دارد كه علت واقعی غیبت حضرت را نمی توان گفت، و اگر سبب و علتی هم بیان می گردد، اگر چه ممكن است حكمتی برای آن باشد، ولی علت كامل و حقیقی نیست.

اما بعضی از حكمت های غیبت حضرتش را كه می توان با استناد به روایات ذكر نمود، بدین قرار است:

1ـ امتحان و آزمایش: غیبت آن حضرت سبب می شود تا نفاق پنهان عده ای آشكار شود و ایمان حقیقی محبان و شیعیان واقعی امام(ع) در كوره ولایت امام غایب(عج) از ناخالصی ها و دورویی ها و سست مایگی ها جدا و پاك شود؛ و در یك كلام مؤمن از منافق معلوم می گردد. در سختی ها و مشكلات گوهر وجود شیعیان ناب آشكار می گردد.

جعفر جعفی می گوید: به امام باقر(ع) عرض كردم: فرج شما كی خواهد رسید؟ فرمود: «هیهات، هیهات! فرج نخواهد رسید تا شما غربال شوید، (و سه بار تكرار كرد) و افراد آلوده بروند و افراد پاك و مخلص باقی بمانند.»(بحار الانوار، ج51، ص113)

و نیز موسی بن جعفر(ع) فرمود: «هنگامی كه پنجمین فرزند امام هفتم غایب شد، مواظب دین خویش باشید، تا مبادا كسی شما را از دین خارج كند.... برای صاحب الامر به ناچار غیبتی خواهد بود، به طوری كه عده ای از مؤمنین از عقیده خود برمی گردند؛ همانا خدا به وسیله غیبت، بندگانش را "امتحان" می كند.»(همان ماخذ)

2ـ بیعت نكردن با ستمكاران: در روایات متعددی یكی از علل غیبت امام(عج) عدم بیعت با كسی بیان شده است.

حسن بن فضال می گوید: علی بن موسی الرضا(ع) فرمود: گویا شیعیانم را می بینم كه هنگام مرگ سومین فرزندم (امام عسگری) در جستجوی امام خود همه جا را می گردند، اما او را نمی یابند. عرض كردم: به چه دلیل؟ فرمود: زیرا امامشان غایب می شود، عرض كردم: چرا غایب می شود؟ فرمود: برای اینكه وقتی با شمشیر قیام نمود بیعت كسی در گردنش نباشد.(همان ماخذ، ص152)

3ـ ترس از گزند دشمنان: گفته شد كه با تولد مهدی موعود(عج) همه ستمگران و ظالمان به وحشت افتادند، و از آنجا كه مرگ و انقراض حكومت ظالمانه و اعمال غیر انسانی خود را در دست پرتوان امام(ع) می دانستند و می دانند، لذا جان امام مهدی(عج) تهدید می شد؛ لذا در روایات یكی دیگر از علل غیبت حفظ جان حضرتش از تعرض و گزند دشمنان ذكر شده است.

زرارة بن اعین از امام صادق(ع) روایت كند كه فرمود: از جان خود بیم و ترس دارد ـ و حضرت با دست به شكم خود اشاره كرد.(كمال الدین، ص342)

البته بدیهی است وجود مقدس حضرت(عج) نیز مانند پدران بزرگوارش از كشته شدن در راه خدا هراسی ندارد، ولیكن اراده الهی به حفظ امام تعلق گرفته است